Tào Côn giành được ngôi Tổng thống bằng cách trắng trợn hối lộ 5000 đồng bạc cho mỗi một nghị viên Quốc hội bỏ phiếu cho ông. Việc này dẫn đến tranh cãi trong Chính phủ Bắc Dương và quốc hội, lúc này chỉ còn trên danh nghĩa chứ thậm chí không có quyền lực tổ chức bầu cử. Tất cả các phe phái đều quay sang chống lại ông, ngay cả trong Trực hệ cũng có người phản đối ông. Quan hệ của ông với Ngô Bội Phu xấu đi, và có tin đồn về sự phân liệt trong Trực hệ, dù họ vẫn thống nhất lại trong cuộc chiến tranh với Phụng hệ.

Một trong những động thái đầu tiên của ông trên cương vị tổng thống là ban hành Hiến pháp 1923. Dù được soạn thảo vội vã bởi một quốc hội bù nhìn, nó được xem là bản hiến pháp dân chủ và tiến bộ nhất, nhưng cũng như những văn bản trước, bị bỏ qua hoàn toàn.

Trong lúc cuộc chiến với Trương Tác Lâm đang diễn ra, vào tháng 10 năm 1924, Tào bị Phùng Ngọc Tường phản bội và giam cầm trong Chính biến Bắc Kinh. Phùng chiếm Bắc Kinh và buộc Tào từ chức. Em trai ông, Tào Duệ, tự sát trong khi bị giam lỏng tại nhà. 2 năm sau, ông được phóng thích như một động thái hòa giải của Phùng với Ngô Bội Phu.

Tào mất tại nhà ở Thiên Tân vào tháng 5 năm 1938. Ông được chính phủ Trung Hoa Dân quốc truy phong quân hàm Đại tướng.